Para este proyecto los frailes destinaron un tiempo y un local al lado de la iglesia para iniciar a los niños en la doctrina cristiana, además les enseñaban a leer, escribir, cantar, tocar instrumentos musicales, ayudar a la misa, atender la sacristía y, en especial de acuerdo a Torquemada (1975), llevar una vida en común y fabricar cuerpos sanos que garantizaran la sumisión y obediencia para la limpia reproducción del reino.
Los colegios marcaron enfáticamente la división para atender a los hijos de los conquistadores y a los hijos de los conquistados, pero además en éstos últimos existió la separación para educar a los hijos de los pudientes y a los de los indigentes.
Prueba de lo anterior es que entre 1526 y 1527 se fundaron dos tipos de colegios; uno para transformar a los hijos de la nobleza indígena en caballeros de la nobleza novohispana y otro para que los hijos de labradores y gente plebeya aprendieran la doctrina cristiana, las artes y los oficios.
En el mismo lugar donde había funcionado el Calmecac o escuela de los hijos de los principales mexicanos y de donde había partido la más feroz oposición militar contra los españoles, se fundó en 1536 el colegio de Tlaltelolco, que fue un modelo de conversión abrigado por los franciscanos.
En Tlaltelolco se reclutó a jóvenes de las distinguidas familias de los tiempos precoloniales y se formaron a los primeros religiosos cristianos indígenas imponiéndoles una rigurosa disciplina.
Con relación a las mujeres se inició con las hijas de la nobleza indígena para enseñarles la doctrina cristiana y las buenas costumbres como si fueran monjas, pues sólo salían de la clausura para enseñar a otras mujeres en los patios de las iglesias o en las casas de las señoras.
El colegio de la Caridad se fundó en 1538 para españolas y mestizas de todas las edades, con la idea de que salieran directamente a la boda, se les enseñaba a cantar, rezar, los salmos, la misa y en especial el taller de labores femeninas, todo esto se realizaba en silencio y devoción.
En este colegio se debían tratar las alumnas entre sí con amor y caridad, procurando que no hubiera disensiones ni palabras injuriosas. Si no obedecían a su rectora se le informaba al cabildo y podían recibir castigos, perder su dote y ser expulsadas.
Mención especial merece la educación que impartieron en la Nueva España los jesuitas, quienes introdujeron la idea tridentina de la educación integral: de la mente, el espíritu y la conducta; más escolarizada para las familias novohispanas acomodadas, como los hijos de hacendados, mineros, ganaderos, comerciantes y altos funcionarios. Menos escolarizada para los indígenas, las mujeres, los enfermos, los presos, campesinos y los negros.
Para los jesuitas, lo más importante era el fin y no los medios, lo sustancial y no lo periférico, de modo que la elocuencia, el cálculo, la casuística, la simulación y el disimulo constituyeron valiosos instrumentos en la educación de los futuros dirigentes.
En ceremonias y días especiales los estudiantes se distinguían por sus escenificaciones teatrales, sus diálogos y declamaciones en latín y romance, en prosa y verso, lo cual animaba a muchos padres a enviar a sus hijos a estudiar con la compañía de Jesús.
